Grep kann hervorragend mit Text umgehen, aber InDesign hat leider einiges im Textfluss, was nicht Text ist, wie Fußnotenverweise, Indexmarken, verankerte Rahmen und noch zwei, drei Dinge.
All dies kann mit $1 nicht wieder eingesetzt werden. Wenn Sie also dergleichen verwenden, heißt es Vorsicht mit grep-Ersetzungen.
Das kann in Ihrem Fall aber eigentlich nur der Fall sein, wenn die Fußnote ganz am Ende des Textflusses, also auch nach dem letzten Punkt steht...